Die Metroids sind zurück
Nachdem sich Mother Brain offenbart, und Ridley zusammen mit der Armee verschwunden war, herrschte Stille im Senatgebäude. Samus, Mother Brain und der Senat selbst waren alleine. Während die Mitglieder des Senats voller Furcht und Schrecken versuchten sich in irgendeiner Weise zu verstecken, blieb Samus in vollster Montur vor Mother Brain stehen. Zögernd hebte sie ihren Waffenarm in Richtung des Mutterhirns. Samus spürte nurnoch Kälte. Sie wusste nicht wie sie jetzt handeln sollte als Mother Brain plötzlich begann zu sprechen.
<<Aran..wie lange habe ich darauf gewartet dir nocheinmal zu begegnen. Nachdem du mich und meine Gefolgschaft damals auf Zebes zerstört hast, versuchten die verbliebenen Weltraumpiraten mich wiederzubeleben..wie du sehen kannst waren sie erfolgreich. Du wirst dich fragen warum ich in einer völlig anderen Form als damals auf Zebes auftrete. Nun die Weltraumpiraten schafften es, mich mit einem Omega-Metroid direkt vom Planeten SR-388 zu verbinden. Geplant war das die Metroidqueen mit mir verbunden wird, doch zu viele Krieger fanden den Tod in ihrer Kammer. Doch es gibt immernoch Wesen die mächtiger sind als ich, auch wenn ich jetzt genau wie Metroid Prime die Macht habe Metroids zu erschaffen. Du wirst dich wundern inwiefern ich mich verändert habe!>>
Mit diesen Worten hebte Mother Brain beide Arme in die Höhe und aus den breiten Ärmeln ihrer Kutte entschwebten plötzlich einige Metroids, doch Samus lies sich nicht so einfach erschrecken. Auf Zebes, Tallon IV und Aether hat sie schon tausende von Metroids getötet und diese paar würden sie auch erledigen. Mit einem unglaublichen Zischen klirrten aufeinmal die Fenster des Besprechungszimmers. General Adam Malkovich, Anführer der Armee von GKX-747 erschien mit einigen Truppen um die Mitglieder des Senats zu retten. Malkovich selber stellte sich neben Samus und half ihr bei der Vernichtung der Metroid-Organismen als plötzlich einige der Metroids anfingen sich zu entwickeln. Sie mutierten zu Beta-Metroids, von denen sich 4 durchdringen konnten und Mitglieder des Senats angriffen. Zwei wurden von ihnen erwischt und zerissen während Malkovich sich um die anderen Metroids kümmerte und Samus versuchte die beiden Opfer der Metroids zu retten, doch es war zu spät. Ihre Körper waren zerissen und verschlungen. Überall im Saal war Blut verschmiert, teilweise rot, teilweise blaugrün. Die Männer die unter Adams Kommando standen, konnten währendessen die restlichen Mitglieder des Senats retten. Samus und Adam schossen die restlichen Metroids ins Jenseits, ohne zu bemerken das sich Mother Brain bereits davon geschlichen hatte. Adam sagte ganz kühl zu Samus:
<<Hören Sie, Lady. Die Mitglieder des Senats sind nun in unserer Obhut und in Sicherheit. Sie sollten sich von nun an um Mother Brain, Ridley und die Weltraumpiraten kümmern. Sie hatten schließlich schon ein Aufeinandertreffen mit ihnen. Irgendwelche Einwände, Lady?>>
Samus allerdings ignorierte Adam regungslos und sprang aus einem der zerbrochenen Fenster um Mother Brain zu finden, doch sie begegnete weder Mother Brain, noch Ridley. Vor ihr stand eine unbekannte Gestalt doch Samus wusste aus ihrem Unterbewusstsein das sie diese Kreatur nicht das erste mal sah..
