Es sind inzwischen zwei Jahre vergangen, nachdem der Pharao und die Milleniumsgegenstände für immer von der Erde verschwunden sind. Yugi und seine Freunde sind im letzten Schuljahr und es sind Ferien. Der König der Spiele ging wie jeden Morgen früh aus dem Haus.
Raumstation Nevada (Erde)
Der Geschäftsleiter von Weyland-Yutani schaut einem Raumschiff beim Starten aus dem Hangar zu. Es handelt sich um ein kleines Kriegsschiff mit dem Namen Sulaco.
Eine 5000 Jahre alte Söldnerin will ihren vor 5000 Jahren gegebenen Auftrag erfüllen und den Pharao töten... Yami ist in einer Gefahr, die er selbst erst sehr spät wittert...
